首先是我从第一遍玩就开始想的东西，小男孩的身份。他的目的是什么我暂时不考虑，就先来猜猜他到底是不是人类。

想到哪说到哪，各位别介意。
开局他从一个不知道什么地方的地方滑下来，落到一片森林里。这个时候就会开始遇到会攻击他的戴面具的黑衣npc。很多网友都提到过了，这些npc抓到他后并不会杀了他，他们使用的弹药都是类似麻醉针那样不致死的东西（那个玩意儿是麻醉枪的可能性很大，但不排除别的。严谨。）。
【以下是单看前期和中期的推测，后面的事后面再说】
这样的npc在后面的游戏里也有出现，他们大多都在处理关于傀儡人的事，把它们装上车，或者“测试”它们。个人认为这些人应该是“真正的人类”，或者至少是比傀儡人高级的人类。这点显而易见我就不多说。
很值得一提的是，黑衣人里会出现女性和小孩（提到女性是因为傀儡人里也会有女性，但在实验室的研究员里我没找到女性，各位有看到的可以告诉我）。整个游戏里可以看到好几个黑衣小孩，甚至还有被抱着的婴儿。个人觉得就从这点可以看出他们会用正常人类的方式繁殖和养育后代，有家庭这个概念。而且很多时候可以看到他们带着小孩工作，印象最深的就是傀儡人的“检阅仪式”，围观的人里就有小孩。不难看出傀儡人这样的东西在他们的潜意识里就已经只是工具了，带孩子参观制造傀儡人就像参观冰淇淋工厂一样普通。
那么他们和小男孩有什么关系？反正小男孩不是他们的一员就对了。有一个很有趣的地方，游戏里有五官的只有这些黑衣人（虽然只是面具上的），而包括小男孩在内的其他人都没有（傀儡人和水鬼，包括后面的研究员）。个人更偏向于小男孩是类似傀儡人和水鬼那样的生物，但从某种意义上比它们都要“高级”。他可以主动行动，会操作潜艇等设备，最重要的是他会害怕，会反抗。
我认为他是一个真正的人类，可能后来改造过，但也只是“微调”。这个原因就比较直接，他死亡或被炸碎后尸体没有蠕动。

然后是那些傀儡。有人说它们是人造人，还有吧友提出可能是用猪做的。这些说法都有道理，但个人偏向于它们都是用人类改造的，或者是用人类基因制造的。
游戏里可以看到，合格的傀儡人会被穿上黑衣，装上货车。实验室里的那些畸形的傀儡人，有可能是半成品或被回收起来研究的残次品。畸形的傀儡人里啥玩意儿都有，有缺手缺脚的，有头长在肩膀旁边的，还有直接根本没有头的。它们的肢体断裂后会蠕动，我觉得这和那种虫子有关。把猪感染的虫子在后来的傀儡人身上又出现了，整个傀儡人的制造应该都和这种虫子有关系。很有可能是因为发现了它的功效才开始制造傀儡人，也有可能它是实验的产物。
至于用于制造傀儡人的人类是怎么来的，我有一个想法。我们可以在实验室里面看到很多傀儡人都断手断脚，连头都没有也很正常。我觉得很有可能是实验室收集起来的尸体，结合某种科技东拼西凑做出来的。那些不协调的四肢有可能是拼上去的，也有可能是长出来的。很有可能有一部分傀儡人是用完整的人类躯体制作的，就是那批穿黑衣服被运走的，那些都是“精品”。
那么这些尸体或活人是怎么来的呢（以下纯属个人看法），我觉得很有可能是战争。尸体的战死的士兵或平民，完整的那些有可能是俘虏或原住民。这个基本上是我瞎猜的，要说依据可能就是游戏时不时体现出来的废土风格，包括前期的公路，农场，还有一辆挡风玻璃上有弹痕的车，还有后来残破的居民楼。整个实验很有可能是在战败国的国土上进行的。

小男孩进到实验室后，可以看到几个单独的玻璃房间，其中一个玻璃上很多血，有一个傀儡人在玻璃后面，贴在玻璃上。另一个里面则是被挡住的手术台一样的东西。房间外还有摄像机和几排凳子。我觉得这里大概就可以看出傀儡人是经过改造的。它们原来应该是有意识的，它们还想逃跑。

啊对了，如果觉得我说的都是shit的话请别当真，本来也没有认真我只是自己瞎想。