航海技术系下设航海技术、水路运输与海事管理、轮机工程技术、船舶检验、港口与航运管理、报关与国际货运、集装箱运输管理,汽车运用与维修技术等8个专业。其中轮机工程技术、港口与航运管理为省示范性高等职业院校重点建设专业和福建省级示范专业;航海技术、轮机工程技术、港口与航运管理、报关与国际货运等专业在福建省2013年度高职院校专业建设质量评价中均名列交通运输大类专业建设质量评价第2名。轮机工程技术获得2014年福建省高等职业教育教学成果特等奖、港口与航运管理获得2014年福建省高等职业教育教学成果二等奖和全国物流职业教育成果奖二等奖;2016年航海技术专业获得厦门市第三批重点建设专业;轮机工程技术承担了国家级轮机工程技术专业的教学资源库二个子项目的建设并已经通过了国家教育部的验收;轮机工程技术获得中央财政支持的提升专业服务产业能力的项目建设并通过了验收。