大量临床研究中采用的根除疗法不仅药物联合方案多样，疗程也很不相同，其中使用的不止一种抗生素容易产生耐药菌株。五次全国幽门螺旋杆菌感染处理共识会指出，幽门螺旋杆菌对克拉霉素、甲硝唑和左氧氟沙星的耐药率（包括多重耐药率）呈直线上升趋势，幽门螺旋杆菌可对这些抗菌药物产生二重、三重甚至更多重耐药性。临床研究发现对甲硝唑的耐药率上升到81.0%，对克拉霉素的耐药性上升到38.1%，对左氧氟沙星的平均耐药率也高达50.3%，且有逐年上升趋势。
在耐药菌株的出现使抗生素效用下降的同时也出现了其他的解决方案，例如四君子、半夏泻心汤、补中益气汤等中药对幽门螺旋杆菌可直接产生抑制效果，使其毒性明显削弱。徐艺等选取15类136味常用中药进行体外抑菌实验，结果显示清热解毒类中药的效果较好，其中黄连抑菌作用最强，其次是大黄、黄芩、大青叶。但是临床应用效果并不明显。
另一方面，幽门螺旋杆菌胃炎是一种感染性疾病，用有效疫苗防治感染无疑是一种最佳选择。第三军医大学正在进行口服抗幽门螺旋杆菌疫苗的临床研究，致力研发出具有完全自主知识产权的世界首个且目前唯一获批的抗幽门螺旋杆菌疫苗，该研究成果已发表在Lancet杂志上，但目前有关疫苗的研究和推广工作尚属起步阶段。
总之，为选择更理想的幽门螺杆菌根除方案，大剂量PPI、新的替代抗生素、铋剂替代黏膜保护剂、益生菌以及中药的应用方面，仍需更多临床研究探讨。新药开发方面，针对幽门螺杆菌定植开发非抗生素药物也将是方向之一。同时，为提高幽门螺杆菌清除率，选用患者依从性好、副作用小的药物和功能性食品将有重要意义。