蛋白质质谱技术是研究蛋白质组学中前沿的一项技术，它通过蛋白酶将蛋白质酶切消化后形成肽段混合物，在质谱仪中将其电离形成带电离子，并通过特定的质荷比（m/z），进而形成一级和二级质谱，从而定量和鉴定蛋白。目前定量蛋白质组学技术主要分为标记（Label）和非标记的（Label Free）定量策略，其中标记策略又分为体内标记（如 SILAC、15^N 标记），以及体外标记（如 iTRAQ、TMT 标记）。
质谱技术尤其是“软电离源”技术——电喷雾和基质辅助激光解析离子源的发展，使之成为检测微量甚至是衡量蛋白质分子的重要手段。高通量、高效的分离技术，和大规模、高效率、高准确性地鉴定一个组织或细胞乃至亚细胞中的全部蛋白质，以及利用稳定同位素标记方式与多维分离-串级质谱实现大规模的蛋白质定量分析，已经使得生物质谱成为实现这一目标的核心分析技术。
蛋白质质谱定量步骤：
1. 离子化：使用电离技术将经酶切的蛋白质肽段或完整蛋白质带上电荷；
2. 离子分离：通过它们的质荷比（m/z）的差异使其得到分离并得到质量图谱；
3. 分析：通过样品的质量图谱和相关信息，可以得到样品的定性定量结果。
蛋白质质谱定量方法：
1. 荧光染色差异显示双向电泳（2D-DIGE）
2. 同位素代谢标记（SILAC）
3. 同位素标记相对定量（iTRAQ、TMT）
4. 基于Label Free的定量蛋白组分析
5. DIA/SWATH定量蛋白组分析
6. SRM/MRM/PRM蛋白相对或绝对定量分析
不同蛋白质和多肽在质谱仪中离子化能力不同，从质谱图中不能得到量的信息。对于具有相同离子化能力的蛋白质或多肽可以通过比较质谱峰的强度或峰面积得到待比较蛋白质的相对量。
百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Q ExactiveHF质谱平台，Orbitrap Fusion质谱平台，Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，为广大科研工作者提供以下蛋白质质谱定量服务：基于Label Free的定量蛋白组分析、同位素标记相对定量（iTRAQ、TMT）、MRM/PRM定量蛋白组学分析、DIA/SWATH定量蛋白组学服务、SILAC与免疫共沉淀质谱联用的蛋白互作分析服务等。