1、结石：尿结石是一种常见病，小的结石嵌在后尿道，尤其在射精管的开口部位，还有下尿路的膀胱结石以及输尿管结石均可导致射精疼痛。这是因为结石是一种硬性异物，射精时局部软组织的收缩、蠕动，挤压结石而产生疼痛。严重的尿路结石可继发感染，使疼痛更加重。
2、男性生殖系统感染：龟头炎、精囊炎、附睾炎、尿道炎、前列腺炎等。由于炎症刺激，造成这些器官充血水肿，当射精时，伴随这些器官肌肉的节律性收缩，就出现了射精疼痛。
3、疾病：附睾、精囊、输精管、前列腺或后尿道等处的疾病，早期疼痛不明显，随着疾病增大，疼痛症状会逐渐加重。