吴忠新区医院科室健全，有包括妇产科、儿科、眼科、耳鼻咽喉科、口腔科、皮肤科、肿瘤科、疼痛科、康复医学科，以及骨科、外科、急诊科等31个临床科(室)和 13个医技科(室)，其中肿瘤科、妇产科、消化内科、心内科、外科、骨科为医院的重点科室。