如果说《十三经注疏》代表了从汉到唐的经学研究成果，是两汉以来传注体和义疏体的结合，是治经学、儒学的必读的基本典籍。那么，宋元人的“四书五经”注释系统，则是以理学治经的成果。用理学来治经与“十三经注疏”系统存在着明显不同：“十三经注疏”系统注重从训诂、名物、礼制等入手阐发经书中的史实和制度，而“四书五经”系统则注重在经注里面贯彻作者的天理、心性等哲学思想。