理学第三系认为「天理」来源于个人内心的自由意志，并且其道德推演模式是由外向内推。
这一分系比较少见，乍听起来有点别扭，既然是以个人内心的自由意志为天理来源，又怎么是从外向内推呢？
这其实儒学消化中国式佛教的结果。
中国式心性论佛教的普及使得中国人接受了佛教的「普遍主体」的观念，修行者要承认如来这个普遍主体的存在，不断追求与普遍主体的合一。
而消化了中国式佛教的理学第三系发展出了「天心」概念，「天心」可以看做是天的自由意志，从天心理解自己的内心，追求自己内心和天心的内外合一。
如果我们看程颢、程颐的语录，就会发现，二程在用语、方法和理念上有所差别。
哥哥程颢更喜欢从佛教的圆融境界和悟性出发，而弟弟程颐则更注重理的知识性和秩序性。
程颢的思想理念中，有一个像佛教普遍主体如来一样的「天心」，个人内心的善可以感知并与这个天心互通合一。
这既不同于程朱理学中的只静态存在着的、非人格化的、作为秩序的「天理」，也非陆王心学中源于个人内部自由意志的「良知」，所以将其归类于理学第三系。
简而言之，理学第三系的天理来源于人格化普遍主体「天心」的自由意志，道德推理模式从外部的天心向内推演到个人的内心。
一言以蔽之：马魂中体西用。