所以最后的剧情是怎么回事呢，难道是大男主在现实世界并没有到达小男主所在的世界而是在一次次实验当中也脑死亡了，然后在现实世界人们明白了男主的做法也开始尝试用这种方法拯救人类，然后第一个拯救了现实世界的女主，女主知道了后也开始用这种方法又拯救了大男主吗，而大男主的意识与当时的精神状况同步是指大男主为了拯救重要的人而行动，就像小女主最后的结果是落雷击中死完一样，大男主最后的意识状态是在拯救大女主的过程中死亡了，于是大男主在被记录的世界死完了反而可以借此在现实世界救活了吗？

不是，整个剧情中一共有三个世界，最后剧尾大女主出现的是真实世界，那么其余两个都是虚拟世界，我们假定为虚拟一（大男主）和虚拟二（小男主）。在真实世界中，是大男主（注意，和虚拟世界不同）为了保护女主，在雷击中变成了植物人。于是为了让男主苏醒，也就是剧中单男主用的，将虚拟世界的精神达到与出现意外时同样的状态然后导入容器（原本的身体），大女主将男主的精神导入虚拟一世界运行，但是失败了，原因未知，很可能是出现了不确定因素（因为虚拟一世界没有自动修复系统，详见p.s.），结果是虚拟一中是女主遭遇雷击，成为了植物人。但是阴差阳错的是，虚拟一中的大男主和现实中的大女主做了同样的事，看上去好像成功了，但是其实是失败了，因为虚拟一中的女主和虚拟二中的女主其实是不同的两个人（这个剧中是有体现的，比如another world 中大男主回忆说只看到过女主笑过一次，但是虚拟二中，小男主在帮小女主搬书的时候忘记问题回答那段却不经意让女主笑了），所以结果是虚拟一中的女主真的不在了，有的只是虚拟二的女主，也就是小女主。（剧中的体现是小女主在虚拟一中醒来时一瞬间拥有了虚拟一世界自己的记忆）因此这个方法本身就存在问题，即苏醒的不是同一个人，这也可以体现在心理年龄上。于是现实中的大女主化身为贯穿虚拟一二的三足金乌（乌鸦），引导到大小男主，达到了现实中男主遭受意外时为救他人毅然决定赴死的状态，注意此时乌鸦化身的神之手其实就是现实大女主的化身，同样的还有虚拟一中男主珍藏的女主书签，他们在小男女主回到虚拟一后便化为了碎片，即暗示了虚拟一变成了一个新的世界，也说明真实世界不再去观察/监视虚拟一了。那么最后大男主回到了主世界，为什么说这样才是成功的呢？因为此时单男主已经在虚拟世界中过了十年，这彼此的十年是至关重要的，他们既能够理解为了彼此付出了什么，也能感受到彼此的相爱相守。
#p.s. 自动修复系统也是本剧的伏笔之一，只有拥有自动修复系统的世界才会与前面的世界的历史保持一致（剧中是真实世界＞虚拟一＞虚拟二），只有虚拟二开启了自动修复系统，因此虚拟二才能理论上复刻虚拟一的历史（在大男主到来之前），而虚拟一并没有开启自动修复系统，证明是剧中所有的狐面都是从虚拟二中跑出来的，包括出现在虚拟一中的狐面，而之所以狐面能从阿尔泰拉中跑出来，有两个理由，一是大男主所在的世界也是一个虚拟世界，二便是大男主的世界没有开启自己的自动修复系统，正如剧中虚拟一的博士所说，关闭了自动修复系统，虚拟世界便不再收到约束，会像宇宙大爆炸一样出现各种因素。