在第二次世界大战初期,时任海军少将的他领导了一项在英国沿岸水域施放水雷的行动。
1939 年12 月17 日,吕特晏斯 晋升为海军中将。
1940 年3 月11 日至4月,他接任了临时的舰队司令。
在4 月7 日,吕特晏斯 率领Scharnhorst(沙恩霍斯特) 与Gneisenau(格奈森瑙) 前去挪威海岸转移英国舰艇的注意力。在与Renown(声望) 战列巡洋舰接战期间,Gneisena(格奈森瑙) 遭受到重大的损伤。
1940 年7 月8 日,吕特晏斯 接任了舰队总司令。
1940 年6 月20 日,刚瑟·吕特晏斯 率领了一支由Admiral Hipper(希佩尔海军上将)重型巡洋舰、Nürnberg(纽伦堡)轻型巡洋舰、Gneisenau(格奈森瑙)战列舰及一艘驱逐舰所组成的分舰队前往北海,以吸引敌人的注意力,避免受损的Scharnhorst(沙恩霍斯特)从挪威至德国的航行路线曝光。最终这项行动十分成功,但途中Gneisenau(格奈森瑙) 仍遭到潜水舰Clyde 的雷击。
1940 年8 月26 日,吕特晏斯 受封海军上将。
1940 年12 月,刚瑟·吕特晏斯 再次率领Scharnhorst(沙恩霍斯特) 与Gneisenau(格奈森瑙) 前往北大西洋。但这次舰艇在途中遭受到风暴的侵袭因而受损,最后被迫返回基地。
1941 年1 月,吕特晏斯 又再次前往北大西洋,与Scharnhorst(沙恩霍斯特) 及Gneisenau(格奈森瑙) 在「柏林行动」中执行了两个月的突袭任务。在行动期间,她们共击沉与俘虏了22 艘舰艇。
1941 年5 月18 日的「莱茵演习行动」期间,吕特晏斯 率领了Bismarck(俾斯麦)战列舰 与Prinz Eugen(欧根亲王)重型巡洋舰 启航,欲经由丹麦海峡前往大西洋海域,但在5 月21 日舰队被英国飞机发现了。
5 月24 日,丹麦海峡爆发了一场海战,在海战开始的九分钟后Bismarck(俾斯麦) 便击沉了英国HMS Hood(胡德)战列巡洋舰。
5 月26 日,英国鱼雷轰炸机在刚瑟·吕特晏斯 在舰上时重伤了Bismarck(俾斯麦)。在5 月27 日早晨,这艘德国舰艇被英国主力舰击沉,而刚瑟·吕特晏斯 最后被目击之处是在与他的幕僚前往指挥舰桥的路上。