第二天希达在巴斯的房间里醒来，却惊讶地发现了一张“天空之城拉普达”的照片。这是巴斯的父亲历尽艰险才拍到的天空之城，但除了巴斯之外，没有人相信他。最后他在郁郁寡欢中去世了。巴斯发誓，一定要证实父亲是对的，天空之城真的存在。

然而海盗很快找到了他们。躲避他们的追捕时，希达与巴斯掉入了矿井，幸好希达的飞行石又一次发光，他们安全地飘落。飞行石和井下的矿石发生共鸣，令他们偶然发现这里曾是开采飞行石原料的地方。

　二人刚离开矿井，就被抓住了。希达被带往要塞，在那里，一个叫穆斯卡的人给希达看一个巨大的机器人，说是从天空之城掉下来的，凭当时的科技无法令它再启动。当天晚上，希达念起祖辈所流传的寻求帮助的咒语，飞行石发出光，令机器人再次活起来，整个要塞变成火的海洋，巴斯趁乱和海盗结盟
飞入要塞救出了希达。

匆忙中希达丢失了飞行石，而穆斯卡得到了它，按照飞行石上圣光的指引，飞向天空之城。同时，，海盗妈妈从希达的记述中算出了天空之城的方位，带着希达二人乘海盗飞艇全速前进。　　

不幸的是，即将到达之时，忽然前方出现龙卷风，和穆斯卡的舰艇又狭路相逢，交战中巴斯和希达的滑翔机被卷入龙卷风里……

穆斯卡抓住了海盗们，来到了拉普达，迫使希达启动黑石碑上的文字，即将开始他称霸世界的野心。希达抢回飞行石，为了阻止穆斯卡，她和巴斯一起念起毁灭一切的咒语。最后拉普达解体，武器系统
化为大气层的火球坠入云海中，而使拉普达漂在空中的巨大飞行石结晶载着拉普达的生命之树，上升到天空的尽头……

（不完全原创）

这里说一下感想：小时候看天空之城，只觉得太可惜了，电影叫天空之城拉普达，怎么到了最后拉普达没了呢。可是现在我觉得，假如人类无法控制拉普达的武器，那拉普达还不如没有，至少那样无法造成威胁。