《山海经》也有对日本的记载，如《山海经·海内北经》这样写：“倭国在带方东大海内。”这说明古人对“扶桑“、“倭国”的概念是泾渭分明的。即使在后来的《后汉书》中出现了“扶桑国”的称谓，"倭国"和"扶桑国"都分开立传，从未混淆。
唐代著名政治家、史学家姚思廉在《梁书》中第一次比较详细地记载了这个神秘的“扶桑国”的位置：“文身国在倭国东北七千余里”、“大汉国在文身国东五千里”、“扶桑国在大汉东二万里，地在中国之东，其土多扶桑木，故以为名。”这段记载，既说明倭国（日本）不是扶桑，也说明扶桑在更加遥远的东方。

那么，这个“扶桑国”到底在哪？十八世纪中叶以来，法国人金勒等西方学者提出扶桑国在今天北美洲墨西哥的观点。在中国学者中较早响应此说的是章太炎，他在所著《文始》中也认为扶桑即墨西哥。始倡此说的是法国人金捏（De.Guignes），他于1761年提交的一个研究报告中说：根据中国史书，在公元5世纪时，中国已有僧人到达扶桑，而扶桑，他认为就是墨西哥。金捏所说的中国史书，指《梁书》“扶桑传”。”如此看来，扶桑国应远在西半球的美洲。原产于墨西哥的棉花，即具备扶桑木的全部特征。墨西哥玛雅人的首领称“Dui--Lu，”其发音正是《梁书》中所说的扶桑国贵人：大小“对卢”。扶桑国有南北二监，南监押轻犯，北监押重犯，重犯子女，男孩8岁为奴，女孩9岁为奴，这也是墨西哥玛雅人的制度。在中国学者中，除章太炎外，影响较大的尚有朱谦之（《扶桑国考证》）、邓拓（《谁最早发现美洲》）等。与之相对比，赞同“扶桑就是古日本”这一观点的，却不多见。

但是，为什么近代人们总习惯把扶桑等同于日本呢？主要的原因，除了日本人刻意杜撰“天照大神”、“日出之国”之外，还与古代中国人没有准确的地理方位意识、把东方和日本混为一谈有关；另外也与国内外一些学者对“扶桑”地望的争论不无关系。所以早在唐代以后一些诗人的诗作中，就开始出现“日本”、“扶桑”概念混乱、分合无序的情况。尤其到了近代，“扶桑”基本就是日本的代名词了。对此，国内学界就有“自梁启超起将日本和扶桑联系在一起至今”的说法