刺孔具有促进菌丝生长的增氧作用，用于促控菌棒培养时间的调节。刺孔后的自升温现象，为低温季节菌棒促长,提供了便利条件。但是，菌棒刺孔的自升温，应限制在28℃以下的菌棒管理中应用。菌棒刺孔后的棒内与棒外温差2~4℃左右。所以，刺孔后应严密监视温度变化。
第一次刺孔:菌团直径长到5~8公分,用牙签沿菌种穴周围刺孔4~6个，孔深1公分。
第二次刺孔:菌团直径8~10公分,用毛衣针粗的钉子沿菌团边沿向内2公分刺孔,孔距2公分左右，孔深1公分。
第三次刺孔:菌团直径长到10~15公分,4个点菌孔大部分已经连通,采用二次刺孔要求刺孔，两个菌团之间的明显接合位置，不宜刺孔。
监督要点:
①菌团上面的袋膜松弛，有空隙的地方不刺孔,袋中营养料虚软的袋子不刺孔，防止孔中流通空气感染培养料。
②刺孔的位置应距离菌团边缘大于2公分的位置.防止刺透菌团。
③培养料偏湿的袋子适当多刺孔。
④气温超过33℃时,宜选用阴雨天气刺孔。刺孔后要保持棚内适当通风。如果在室内井字型堆放,层数应低于4层,防止阳光直接照射，烧伤菌棒。
⑤5月20以后的夏栽袋料，以静止培养为主，保持菇棚遮阴通风。等待立秋后再刺孔。或在气温超过35℃的菌棒刺孔，采取少刺,勤刺,晴天不刺,防止刺孔后的积温烧菌。
⑥无论何时上架的菌棒，出现转色现象后，均要每隔10天左右转动一次菌棒，发现有积水,立即在积水处刺孔排水。
⑦如有菌棒凹陷处的袋膜贴紧,影响转色，要用锥子挑起袋膜,切不要挑破袋膜。