在人类历史还没开始的时候，细菌就已经存在了，目前已经发现的有400万—4000万种细菌，而益生菌来源于希腊语forlife，意思就是对人类身体有益的细菌。
在远古的时候，人类的日常饮食当中就已经含有乳酸发酵类食品了，人们最早就是认为酸奶对人的肠道有好处，甚至有些地区比如保加利亚，他们的人特别长寿，就是因为经常喝酸奶。就是这样从酸奶开始认识乳酸菌，慢慢地因为肠道菌群研究的深入，开始有了益生菌的概念，也有不少科学家对其定义，而最后是世界卫生组织WHO正式为益生菌定义：益生菌是活的微生物，通过摄入足够数量，对宿主起有益健康的作用。