1、支付宝小程序不支持个人申请，仅支持企业注册。微信小程序则是政府，企业，个人以及其他都可以。
2、微信小程序基于微信平台，主要是依靠微信的社交体系推广宣传，支付宝小程序主要是偏向于信用市场。
3.微信小程序的日活跃度超过两亿，支付宝的用户数量也超过9亿，但由于支付宝更偏向于电商和支付这两个领域，微信的应用场景是社交，用户群体不一样，在很大程度上支付宝的日活跃量是没有微信高的。
4.支付宝小程序注重B端，在商业化上有着得天独厚的优势。微信较侧重C端用户，注重社交，交流，团购，砍价。
无论是支付宝小程序还是微信小程序，都是为了更便利人们的生活，虽有所差别但殊途同归。