粪菌移植目前主要应用于肠道疾病、精神神经类疾病、肿瘤、慢性病四大类。
1. 炎性肠道疾病：
艰难梭菌感染、克罗恩病、溃疡性结肠炎、肠道易激综合征、便秘等等。
如：艰难梭菌感染、克罗恩病等，按现有的临床治疗方案是终身反复发作，无法康复。肠道菌群移植对肠道疾病有效率均达到100％。复发性艰难梭菌感染治愈率98％；克罗恩病治愈率89.1%；肠道易激综合征治愈率76.7%；溃疡性结肠炎治愈率78.4%；慢性便秘治愈率89%；慢性腹泻治愈率87.8%
2. 精神神经类：
A.儿童：儿童发育不良、免疫低下、自闭症、多动症等。
自闭症患者肠道菌群移植后胃肠道紊乱症状改善达80%；
自闭症改善率55.3%，治愈率23.5％
B. 成人：抑郁症、焦虑、狂躁症、帕金森、阿尔茨海默病等效果也非常显著
3. 肿瘤类：
用于免疫力支持，长期服药引起肠胃紊乱、便秘、腹泻和放化疗引起的炎性肠道病，效果非常显著；肿瘤免疫PD-1联合用药，腹泻改善率30％，肿瘤免疫治疗治愈率10％；并可开展肠菌储存服务（患者化疗前把自己的肠道菌群储存起来，化疗后植入自己的肠道菌群）
4. 慢性病：
A.长期服用药物引起的肠胃功能紊乱、便秘、腹泻、免疫力支持、代谢综合征（肥胖、各类肝病、二型糖尿病、痛风、心血管疾病、脑卒中等都有疗效）
B.女性：生产后失眠，产后肥胖、抑郁、便秘、肠胃功能紊乱等，并可为备孕、孕妇开展肠菌储存服务。
以上这些病症目前用常规方法治疗无效，或者反复治疗反复发作，病人非常痛苦，通俗的讲就是各种治疗手段都用过了，无计可施的情况下采用肠菌移植的治疗方法，治疗痊愈和有效率都得到很大提升。