农村污水处理设备加药系统堵塞的原因有二，一是絮凝剂长期滞留，二是药物质量问题引起堵塞。管线的堵塞会造成设备的加药不利，严重的话整个加药系统将被阻塞。如果不添加化学物质的情况下处理污水，残留的化学物质会留在管道中。随着时间的推移，剩余的化学物质会形成凝胶状的块状物，而这种絮凝物有很强附着力，会长时间粘在加药线上，很难排除，进而导致堵塞。在每次剂量结束时，一些药物会留在罐中，不能完全排出。久而久之，加药罐中的残留药物也形成了絮凝团，造成堆积。随着絮凝质量增加到一定高度，加药罐出口和储药罐玻璃管液位计被堵塞，又引起液位计故障问题。
在加药过程中，通过对储药罐和加药泵之间的过滤网进行加密，可避免絮凝剂造成的堵塞。这样做是因为一旦储药罐中的药品出现问题，可以通过先堵塞加密的过滤网，造成泵的异常运转。在巡回检查发现后，即停止继续加药。通过堵塞阻止在加药泵的前端，这样起到了对加药泵进行保护的作用，解决了因堵塞造成的加药泵维修，也防止了不合格药物进行加药罐堵塞整个加药系统。
在污水处理工程中，加药是保证水质达标的必要手段。由于加药系统并非每天都在运行，因此在其维修保养不易引起注意。而一旦出现问题，很容易影响一定时期的水质达标。因此，在日常工作中，要对加药系统进行定期维护，使加药系统在使用过程中不发生堵塞，保证水质达标。