修改世界树的规则有以下几条：
1.任何一个魔神都能修改，甚至散兵这种伪神都行
2.只能做出简单的“删除某个概念”这种操作，不清楚能否写入
3.世界树会自适应的生成一套大致合理的记录取代记忆和文字记录，但细思会发现违和感
4.能逃过修改的只有1.降临者的记忆、2.地脉本身的记录(即圣遗物和武器的背景故事)
5.以某种方法写成的虚构作品可以隐晦的保留原本历史的记录
6.人的名字会被抹除，但称号是不会的，比如“散兵”这个称号还在，只是具体对应的人没了。
7.保留记忆的人可以再把这个记忆告知别人，包括被删除者本人
而如果从“违和感”入手，能想到以下几个地方
1.北风守护到底是谁
最经典的问题之一，《林间风》说是北风骑士，而是魔神安德琉斯的说法似乎出自日服开服时期的两张贺图。违和感在于，只有武器狼的末路介绍中提到北风骑士有一只狼作为搭档，这只是一只普通的狼，而不是安德琉斯，狼死后北风骑士就离开了，可见北风骑士在蒙德的时候一直是带着狼的，但是为什么没人记载呢？或许可以解释为狼被从世界树中删除了，大家记忆中的四风守护也从北风骑士+狼，变成了北风骑士+安德琉斯。
如果《野猪公主》就是对这段历史的隐晦记载，那或许可以推测出这样一个故事：狼被深渊污染，初代北风骑士（野猪公主）和两个战友（乌龟和狐狸）去处理，最后以牺牲两人为代价封印了狼体内的深渊，就像漫画里赛诺封印柯莱体内魔神残渣一样。作为回报，狼成为了北风骑士的仆从，一起成为了北风守护。之后可能是为了救北风骑士，狼破坏了封印再次使用深渊的力量，因此被深渊彻底吞噬，北风骑士为了防止深渊扩散找到了安德琉斯，借助魔神权限删除了世界树中狼的记录。
2.遗迹机械的用途
戴因说坎瑞亚制造遗迹机械是为了夺取领土，但疑点是为什么从头到尾坎瑞亚都有和七国开战的记载，甚至在各国中还保持着比较正面的形象，如果七国知道坎瑞亚随时准备侵略自己那怎么也不可能把它记载成“伟大的古国”吧。所以有可能制造遗迹机械的真正目的被从世界树中删除了，戴因受此影响才有了为了夺取领土的记忆。
3.归离原的名字，以及归终人设前后不一
《石书辑录》中说归离原得名于“离民归乡”，任务“宝藏归离”中的石碑上说“取二神之名”。说实话这个有点牵强，毕竟两个都是文字记录，应该都会被世界树修改，但硬要解释的话“宝藏归离”中说石碑上的文字丢失严重，不排除信息丢失太严重也会被判定为虚构作品而受规则5影响，所以还是写上吧。而且武器“尘世之锁”文案中归终的形象与别处差别很大，而根据规则4，这个描述才是更接近实际的。
另外注意到新出的花神套文案中描述的花神形象似乎和归终比较相似，花神创造了帕蒂莎兰，归终创造了琉璃百合，两人都十分看重人类，都对其他魔神有好感。而花神是仙灵一族，那难道归终也是仙灵？
对此可以提出一个比较暴论的猜测：归终对钟离抱有感情，但受限于仙灵的诅咒又不能说出来，最后和花神一样为钟离盗取禁忌知识而死，然后把禁忌知识和自己的其他知识一起放进了尘世之锁。钟离不解开尘世之锁也是认为里面的东西有问题。钟离为挽回归终，从世界树中删去了归终和自己的感情，认为这样归终就不会为他做傻事了。但是很快发现了历史是不能被修改了，归终还是死了，只是死因变成了死于魔神战争中，两人的关系变成了纯粹的合作者，归离原的名字也从两人名字各取一字变成了离民归乡。之后因为世界树被修改，他也忘了自己为什么要挽回归终，这事就此不了了之了。
而且很耐人寻味的一点是，只有钟离对旅行者提出了“记录历史”的委托，这说明他至少知道三件事，一世界树可以被修改，二降临者可以保留真正的历史，三旅行者是降临者。那么问题来了，他是怎么知道的。可以推测他经历并察觉至少一次世界树被修改的事件，而《提瓦特行记》中，他陪艾丽丝旅游很有可能是为了核实第二点。
4.莱茵多特为什么没被清算
违和感在于，莱茵多特制造的魔兽可以说是坎瑞亚灾变里破坏最严重的部分，但至今没有任何人去找莱茵多特寻仇，甚至记载都没有。唯一文字记录《林间风》和所有怪物图鉴中也只有“黄金”这一称号，而从未出现过“莱茵多特”这个名字。这个名字仅有阿贝多和艾丽丝知道。而且仅有“皑尘与雪影”活动中阿贝多的对话中提到过，除此之外游戏中没有任何“莱茵多特就是黄金”的描述。
这几乎可以肯定就是修改世界树的结果，某人把莱茵多特这一概念从世界树中删除了，从此所有关于莱茵多特的记载都只剩下了黄金这个称号，而没人记得黄金具体是谁。
阿贝多角色故事里提到，莱茵多特在找“纳贝里士之心”。纳贝里士也是一个魔神名，结合规则1，或许可以推测“魔神纳贝里士”就是从世界树中删除莱茵多特概念的人，而这个纳贝里士之心就是魔神身上类似神之心的装置，莱茵多特找它就是想借助纳贝里士的权限再次修改世界树。
以上仅为猜测，不过到底是不是估计也很难考证了，毕竟世界树这个设定给了编剧很大的自由空间，如果不写那解释为剧情bug或者记载错误也可以，但想写的时也随时可以把剧情补上。