第一幕：多年后，地球人军队卷土重来，誓要攻破潘多拉星球，这时候杰克已经在纳恩人森林部落定居，有了儿子和女儿。上校记忆重生后，在女将军的带领下，大肆征服，阿凡达部落节节败退，主角杰克带领纳恩人英勇反抗，大战数场，但是仍然抵挡不了地球人的强大进攻，潘多拉森林被人类破坏，这时，妻子执行侦察小队任务失踪，杰克安排好森林部落往海洋撤退，孤身前往人类占领区寻找妻子。
第二幕:杰克在寻找妻子的同时，接到了营救自己女儿的任务，原来自己的大女儿和潘多拉之神艾娃有某种神秘联系，这个秘密被人类偶然发现抓走，杰克和地球人奋勇大战，救出女儿，然后赶往森林部落最后的一个撤退点，去接应那里的纳恩人，有人看到他的妻子也在那个方向。
第三幕：来到最后一个沿海撤退点，杰克的大儿子也在这里，带领部落这小部分人奋战，杰克加入，和儿子一起与地球人大战数场，地球人军队越来越多，正在绝望之际，小儿子带领森林部落和海洋部落的援军来援，铺天盖地的海洋生物接踵而至，人类军队溃败，最后，杰克与上校单挑，获胜，上校死亡，死亡前上校说：你们这些蓝皮人下等人，生来就是被人类征服的。
彩蛋：女将军正式出场，原来失踪的妻子落在她的手里，她要求杰克带大女儿来营救自己的妻子，大军压境，森林已经被占领，杰克应该怎么办？且看阿凡达第三部。