农村生活污水主要特点是大部分农村人口分布不密集，分布广泛，因此农村污水浓度偏低，只要变化是昼夜水量变化，即污水排放的断开。通常垃圾处理有早中晚三个高峰期，一天中农户处理的40%左右在上午，夜间污水排放量很少甚至归零。当乡村作为旅游景点和农家乐时，不仅日夜变化系数大，季节变化系数也大。

农村污水大部分来自厨房用水、盥洗用水、冲厕用水，三者的特点差别不大。除了丰富的氮磷有机物外，还含有病原菌及其生物，包括真菌和大肠杆菌。与氮、磷相比，一氧化碳含量不足；与大肠杆菌等污染物相比，浊度也略高；BOD和COD通常为0.4-0.6，碳氮比通常小于5，影响着污水处理中的总氮去除率。
此外，农村污水的水体水质在一个自然日中的不同时间略有不同。例如，白天烹饪期间，动植物脂肪和SS的浓度较高、氮、磷和洗涤剂的浓度也较高。此外，农村生活污水基本不含重金属等物质。
大部分农村没有良好的排水系统，除部分经济条件较好的村和试点村外，大部分地区仍采用合流制。由于运维资金的限制，一些污水处理设施的运行管理由村委会负责而不是专业技术人员，导致一旦出现设备故障问题就无所事事。并且，村民对农村生活污水治理的重视不够，不能做到定期检查运行维护，也导致污水处理设备常见在使用中存在隐患。