哈尔滨工程大学控制科学与工程专业一般保研的学校有：中国科学技术大学、清华大学、北京大学、上海交通大学、南京大学、浙江大学、中国人民大学等。这些学校在控制科学与工程领域都有较高的学术水平和教学质量，是该专业学生继续深造的优秀选择。