柔性对接是指对接过程中允许研究体系的构象发生自由变化，即蛋白质侧链和配体分子构象都可以自由变化，可以精确考察分子间识别情况，但计算量很大且计算时间很长。
因此，实际应用中我们一般只将活性位点处的氨基酸残基设置为柔性，然后将柔性配体对接到每一个受体构象的活性部位。