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cfDNA抽提,对血浆分离有什么要求?

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cfDNA抽提,对血浆分离有什么要求?全血中血浆和血清均能分离出cfDNA,但研究显示,相对于血清标本,血浆中cfDNA有更高的检出率,所以临床一般建议分离出血浆进行cfDNA的抽提。血浆量越多所提取的DNA量就越多,其中含有的cfDNA量就越多,对检测越有利,所以临床一般建议采集10ml全血(4~5ml血浆),采集完成后需温柔颠倒混匀,以便于抗凝剂或保护剂充分与血液接触。根据检测的时效性,分离血浆一般有两种采集管的选择方案:一、EDTA抗凝管:用常规EDTA抗凝管采集全血后,为防止游离DNA的降解,避免野生型DNA背景的增加,建议两小时内以足够的离心力将全血充分低温离心两次,分离出不含细胞成分的血浆(离心前临时保存应暂放于2~8℃冷藏,离心也建议4度离心)。一般建议4度保存,离心,这样不容易溶血。室温(37℃)可能会使血液里的微量成分降解及溶血,其次室温(37℃)高速离心时,旋转会变热,使得酶之类对温度敏感的成分失效破坏。如果条件不允许,没有4℃离心机,短时间内(2h内)室温离心也是可以的。二、Streck采血管:一般条件允许(资金充裕)可以使用Streck管,毕竟进口的,质量还是有所保障的;如果条件不允许(资金不足),使用含有游离DNA保护剂及防细胞裂解保护剂的国产专用常温采血管。采集后轻摇混匀,常温(6~37℃)放置不超过3-7天,以足够的离心力将全血充分离心两次,分离出不含细胞成分的血浆,常温离心就可以。血浆分离的步骤不管是用EDTA采血管还是Streck采血管,采集满10ml全血后,分离的步骤都是一样的(离心温度可能有差异,影响不是很大)。首先,1600g 离心10分钟,离心结束后轻缓地将采血管取出,参照下图,若出现严重溶血和脂血,则不建议进行后续实验;如发生严重溶血,标本不可用,血红蛋白及其代谢产物可能抑制Taq酶活性,使PCR扩增效率明显降低血脂过高,使血浆呈乳白色,低密度脂蛋白对荧光有屏蔽和吸收作用,故对PCR有干扰其次,将上清血浆转移至准备好的2 mL灭菌离心管中,避免吸取过程中吸到白膜层。把装有血浆的2mL离心管进行第二次离心,16000 × g 离心10 min;最后,把离心后的上清液转移到新的2 mL灭菌离心管中,注意不要吸到沉淀,2 mL灭菌离心管中血浆量不能超过2/3,因为冷冻保存时候体积变大,导致管盖打开或者管子破碎。Tips:cfDNA量很少,大约每一毫升的血浆当中,只有十几ng(ng,10^-9)的cfDNA。每一个正常人体细胞,大约含有3.3皮克(pg,10^-12)的基因组DNA,简言之,1ng的基因组DNA,相当于300个细胞的DNA量。10毫升全血,一般可以分离到约4~5ml血浆,大约可以抽提到约 40ng~50ng 的cfDNA。40ng的cfDNA,相当于来自12000个细胞的基因组DNA。如果针对于晚期转移患者,一般cfDNA也可能达到ug级别(ug,10^-6)。cfDNA抽提,为什么更推荐Streck Cell-Free DNA采血管?市场上,一般抽提cfDNA时候都会使用Vangenes Cell-Free DNA采血管和Streck Cell-Free DNA采血管,但是两者影响其实蛮大的,也有些公司为了降低成本使用Vangenes Cell-Free DNA采血管反而适得其反,那么Streck Cell-Free DNA采血管到底有什么用呢?Streck Cell-Free DNA管是一种直接抽取全血的,可用于无细胞血浆DNA采集,稳定存储和运输的试管,(想要了解更多产品,请跳转Streck中国官网http://streck.genomeprecision.com查看)可稳定保存有核细胞基因组DNA,在无细胞DNA的分析过程中,样品的处理、运输和加工过程极易受染,导致有核血细胞分解,进一步释放细胞基因组DNA,同时,因核酸酶活性尔产生的无细胞NDA降解也会带来系列问题,Streck无创管中所含的防腐剂能稳定有核细胞,防止释放细胞基因组DNA,抑制无细胞DNA的核酸酶介导降解,有助于无细胞DNA样本保存的稳定。


1楼2023-04-12 16:01回复