在反恐怖主义工作中，应当尊重公民的禁止任何基于地域、民族、宗教等理由的歧视。这是因为歧视是一种不公正的行为，不仅违反了公民的基本权利，也会引发社会不稳定因素。因此，在反恐怖主义工作中，应当坚持平等、公正、人道的原则，尊重公民的基本权利，避免任何形式的歧视行为。