蘑菇菌种通常是通过大量培养蘑菇的环境条件，来影响每个菌株的形态、发育和生长特征，选择最合适的菌株，使其成为一种独特的品种。一般会先从蘑菇发酵产物中筛选出菌株，在室温条件下对菌株进行培养，看它们的生理和生化性质，筛选具有各种高品质的特性的菌株作为最终的菌株。然后，根据所筛选出的菌株，把它们放入发芽营养液中，养殖出新的特定品种，并在此过程中不断进行复合菌株筛选，直到形成独特的菌株，最终培育出蘑菇菌种。蘑菇菌种的培育过程通常要求较高的技术水平，除采用筛选的方法外，还需要采用遗传学的方法，如体外遗传转化来调整蘑菇菌株的性状，改变其传播能力，降低感染性及抗性。通过交叉繁殖等技术，还可以培育出一种耐受低温或高温、耐干旱等性状的蘑菇菌株。
