自然选择对种群基因频率的影响是通过影响个体在繁殖和生存中的成功率，从而改变基因在种群中的频率。适应环境的个体更容易繁殖后代，其有利基因会在种群中逐渐增多，而不适应环境的个体则会被淘汰，其不利基因会逐渐减少。这种过程会不断改变种群的基因组成，逐渐适应环境。