蔡元培所说以美育代宗教指的是要替代以宗教为基础的美育，建立起以美育为中心的美文化。他认为，宗教往往会导致狭隘的人生观和对人性的扭曲，通过美育，可以培养人们的审美眼光和对美的热爱，从而促进人的全面成长。