依托北航医工学科群（生物与医学工程学院、医学科学与工程学院）成立“协和医班”，培养兼具多学科背景的复合型医学人才。“协和医班”由北航“医工交叉试验班”招生，注册北航学籍，拟每年从在校生中选拔30人左右，双方共同制定培养方案、配备优质师资授课。协和遴选一支由协和教职人员组成的高水平学业导师队伍，“协和医班”学生可根据专业兴趣选择学业导师。
符合培养要求的毕业生按推免直博方式由协和录取进入直博生阶段学习，分别在医学、生物医学工程、群医学与公共卫生方向、医学与生命科学、药学、医学与理学交叉融合等六个方向进行深造，按照4（本科）+4（直博）基本学制完成。