贵州省农村产业结构的税收问题主要体现在：一是农产品产业税收征收和管理存在困难，增加了税收征管成本；二是不同农村产业的税负不同，造成税负不均。因此，需要加强农村产业税收政策研究、完善农产品税收征收和管理机制等方面的工作，以促进贵州农村产业的健康发展。