如果学生高考档案中小学的盖章不清晰，可能会影响学生的申请资格和录取结果。因为高考档案中的小学和初中成绩、证书等是评估学生综合素质和学业水平的重要依据，如果盖章不清晰，可能会导致这些成绩和证书无法被认可或者被怀疑真实性，从而影响学生的申请结果。因此，建议学校和学生在存储和管理档案时要注意保证盖章清晰、准确。