教师资格证申请专业附加税扣除3600元是指在申请教师资格证时，符合条件的申请人可以在个人所得税申报时，将其专业技术职称评审所得收入中应缴纳的附加税减免3600元后再计算个人所得税。这是为鼓励教师继续提高自身专业水平，提高教育教学质量而设立的政策措施。需要注意的是，该政策仅适用于符合条件的申请人，具体资格条件和操作流程需要参照各地相关规定并咨询当地税务部门。