国家宣政院辖地主要包括西藏自治区、新疆维吾尔自治区。其中，西藏自治区主要由藏族为主的少数民族聚居地区；新疆维吾尔自治区主要由维吾尔族为主的少数民族聚居地区。它们是我国最大的两个少数民族聚居地区，宣政院从建立起便一直负责西藏和新疆事务，传承着比较稳定的政治制度，长久保持少数民族政治、文化和宗教上的独特性。