寻根究底和追本溯源有着不同的含义。寻根究底是指在分析研究过程中，对议题进行深入剖析，从深层次考察事物的本质及其背后的原因。相比之下，追本溯源指的是，在研究过程中，追溯事物最原始的根源，以及它们诞生的过程、发展的变化及影响等。总而言之，寻根究底强调的是议题的本质，而追本溯源则注重事物及其运动的起源和发展。