控制科学与工程下设的二级学科包括自动化、电气工程、机械工程、计算机科学与技术、信息与通信工程、仪器科学与技术、航空航天科学与技术、交通运输工程、能源动力工程、材料科学与工程等。这些学科涵盖了控制理论、控制系统设计、控制器件与设备、控制应用等方面，是控制科学与工程的重要组成部分。