运输公司变通费用的根源主要是为了应对物流运输过程中的各种不可预见的问题和需求变动。变通费用的方式包括调整路线、改变运输方式、增加运力等。财务人员在这个过程中发挥作用，通过控制和管理变通费用的支出，确保其合理性和有效性，以提高公司的运营效益和财务状况。