是的，2B知道自己是2E，朗读剧里甚至还因为不想再杀9S而申请放弃处刑（不过被拒绝了）。
至于2B处刑9S只是因为她收到了处刑任务的命令而已，没有命令即使她知道9S发现了真相也不会动手的。
而指挥官，她知道2B是E型，连命令都是她下的，在官方小说《记忆之槛》中还提醒2B要在黑客空间内设置陷阱防止9S的骇客入侵

游戏里面看起来好像是2B和9S的第一次见面，其实之前2B就已经处刑过9S很多很多次了，所以这个阶段2B经历过很多次，所以关系会拉的这么快，一般2B处刑9S是需要接到指挥官的命令才会行动，不然大概率都会让2B待命，要是结局机械生命没有总攻的话，指挥官估计也不想再隐瞒下去了（结合剧情她向9S说的要自己决定命运）。

在游戏剧情之前2b已经处刑9s好几次了，但是天天待一块早就有感情了，9s被处死后新的9s机体没有跟2b一起的记忆，但是2b的记忆还在啊