1、全过程跟踪管理
农产品溯源系统可以对农产品的生产、加工、流通等全过程进行跟踪管理，实现每一个环节的信息化记录和监控。通过扫描农产品包装上的二维码或其他标识，消费者可以清晰地了解该产品的生产历史、生产环境、使用药物、加工过程等信息，有效解决传统农产品管理中信息不透明、难以追溯的问题。
2、提高产品质量
农产品溯源系统的实施可以促进农产品生产者提高产品质量。在系统的监控下，生产者必须按规定操作，对农产品的生产环境、投入品、加工过程等进行严格控制，避免不合规的操作和滥用药物，从而保证农产品的质量和安全。
3、增强应急处理能力
农产品溯源系统可以帮助相关部门快速找到农产品质量问题产生的原因，迅速采取应对措施。当发生食品安全事件时，通过跟踪溯源可以迅速定位问题环节，缩小排查范围，有效防止事态扩大，降低损失 。
4、提升品牌形象
农产品溯源系统可以为优质农产品提供品牌保障。通过系统公示的追溯信息，消费者可以了解到农产品的真实可靠的生产来源和品质，进而更加信任和购买优质农产品，有效提升品牌形象和市场份额。
5、促进农业可持续发展
农产品溯源系统可以帮助农业生产者更好地了解市场需求和消费者需求，指导农业生产决策。提高农业生产效率，推动农业可持续发展。