1、进水pH
进水pH过高或过低都会对生化系统造成影响，导致生化系统无法正常运行甚至系统崩溃，微生物和反硝化菌等没有合适的生存环境，必然造成系统处理水质能力下降，处理水质恶化，出水各项指标升高。
2、水温过低
过低的水温会使得各种微生物的活性大大降低，以氨氮为首的污染物指标首当其冲的出现浓度上升的趋势，紧跟着的就是总氮、COD等。
3、有机物浓度
进水水质发生变化，有机物浓度过高，进而对活性污泥产生较大影响。
4、进水存在难降解（或抑制类）成分
存在难以生物降解物质的大多情况下我们会发现BOD占比较低，甚至B/C小于 0.20；另外部分难降解有机物对活性污泥有一定的抑制作用，对活性污泥的泥水分离也产生了影响，表现为上清液浑浊。
5、悬浮物过高
生化系统来水悬浮物偏高。