ni在这里表示存在的场所。
整句话换成便于理解的意思是：这件事还保存在我记忆的仓库里。
ni在这里的意思很容易理解成三楼包打听的“归着点和方向”，这是不对的，家に帰る；本を棚に置く，才是归着点，后面的动作动词要像箭头一样归着于前方场所，才能称为归着点。
而这里的“残っている”是状态动词，和“机は教室にある”的“ある”是一个意思，它已经存在记忆里了，桌子已经在教室里了，而不是朝着记忆的仓库归着。

記憶に残る，这个に是强调场所，被保存在记忆里
記憶が残る，主语是记忆，解释为记忆保留了下来
記憶を残す，主语是我，主动把记忆保留下来
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