如果是的话，一般来说表达哪个意思更常见？

只能是表达前一种意思。

只能是第一种，表达后面那句话你应该用。学校に来なくてもいい。

こない不是命令形那类的，表达的是自己。こないで或者こなくてもいい这些才行

“不用来”跟“不来”的区别还是比较容易看出来的

第1种

动词 Vる 和 Vない 是说话人自己的个人意志呀，就是老师说“我不会来”。
如果是要求对方做出这个动作的话，用的是：
①Vて / Vないで
②Vても いい / Vなく ても いい
③Vて 欲しい / Vないで 欲しい
还有很多类似表达

老师（对学生）说明天不用来学校
明日は学校に来なくていいと先生が言いました。