透明加密、半透明加密和智能加密都是数据加密技术，但它们在应用方式、加密效果和使用场景上存在一些区别。

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透明加密：
透明加密是一种强制加密技术，它通过文件过滤驱动透明加解密技术进行文件加密，对部门文档数据进行强制加密处理，从文档创建开始即可自动加密保护。加密文档在加密前后对于数据合法使用者无任何差异，不增加用户负担、不改变任何工作流程及使用习惯。文件的保存加密、打开解密完全由后台加解密驱动内核自动完成，对用户而言完全透明、无感知。
半透明加密：
半透明加密只对重要文档进行加密保护，也可手动加密文档，加密文档编辑、保存、另存后保持加密状态；普通文档无需加密，可以和加密文档同时打开使用，编辑、保存、另存后保持明文状态。也就是说，半透明加密允许用户对特定文件进行加密，而对其他文件不做强制要求。
智能加密：
智能加密系统可根据事先设置的敏感数据特征（关键字对、正则表达式），对正在编辑保存的终端文档进行扫描，当系统检测到文件中包含此类敏感数据时则自动加密。这种加密方式主要侧重于对特定数据的防护，能够在一定程度上识别和保护企业敏感数据。
总结来说，透明加密、半透明加密和智能加密分别具有不同的应用方式和效果。其中，透明加密强调对所有数据的强制性保护，半透明加密则允许用户对特定文件进行选择性加密，而智能加密则更侧重于对特定数据的自动识别和保护。因此，在实际应用中，需要根据具体需求和场景选择合适的加密技术。