①内分泌性矮小：此类疾病主要是内分泌激素分泌异常所致，包括生长激素分泌不足、甲状腺功能低下、性早熟、肾上腺皮质增生症等。
②骨骼发育障碍性疾病：各种骨、软骨形成不全等。
③营养、代谢性障碍矮小：患有慢性疾病、营养障碍、粘多糖病等。
④精神社会性矮小：又称心理性矮小。缺乏家庭温暖、得不到足够的父母的爱、压力过大等。
⑤伴有染色体异常的矮小：如先天愚型综合征、先天性卵巢发育不全综合征等。
⑥其他原因矮小：包括家族性矮小、特发性矮小、体质性青春期延迟症等。