个人猜测,博士的妻子和孩子出了车祸,妻子当场死亡,孩子变成植物人,就在博士一筹莫展的时候,机神教抛出橄榄枝说有方法让博士的孩子醒过来,中途机神教骗博士说他孩子因为研究事故脑死亡了,但是可以用AI技术把死去的孩子意识转移到AI上,博士就在机神教里帮助研究AI技术,博士后面发现机神教的阴谋(想把人类都改造成机器人)从而带着小杰逃走(小杰很可能是用博士孩子的意识改造成的AI)。之后博士就把小杰当做自己亲生孩子培养,让小杰不断战斗成长就是为了对抗机神教。
后面的剧情,要是出爆点的话,小杰会遇到博士真正的孩子(大脑被放进战斗型机器里)。博士的孩子对自己的父亲有怨言(因为博士整日只知道工作冷落了妻子和孩子,从而导致的车祸),一边战斗一边打嘴炮让小杰知道了自己的真实身份(战斗型AI以前的记忆也是假的),小杰开始魔怔,被光头教育(嘴炮或者物理),小杰想通了自己的家人就是博士和光头。