鹦鹉基因突变经常发生在同系繁殖的种鸟身上，突变是自然和随机发生的遗传缺陷：在鸟类中，突变最常见的是由于色素沉着缺失或改变引起的羽色颜色变化。颜色突变可以是微妙的，也可以是戏剧性的，影响整个羽毛的颜色，或者产生与正常鸟类不同的颜色模式。
鹦鹉的基因突变是较常见的，野外的鹦鹉大多是原始色（绿色、灰色）的而且耐寒。虽然在野外偶尔会出现羽毛颜色的突变，但一般不会存活下来的，因为它们不同于群体的羽色，让它们很容易成为攻击的对象和掠食者的目标。即使它们存活下来，也不可能找到相似的配偶。因此，它们要么不能正常交配繁殖，要么只能与颜色正常的配偶繁殖后代，它们突变的基因因此不能稳定遗传下来。
自从人工培育驯养繁殖后，一切都不一样了。经过多年人工培育繁殖，在鸟舍里培育繁殖的鹦鹉出现了多种颜色突变，如蓝色、白化、黄化和数种颜色集于一身等变化。鹦鹉的数量增加了，颜色丰富了，市场需求也大了，这些不同寻常的鹦鹉引发了养殖者和鹦鹉爱好者的猎奇心理，人们觉得它们稀少而迷人。鹦鹉繁殖者便开始努力建立血统关系，试图把这些性状遗传下去。到了今天，鹦鹉已经出现了多种不同颜色的突变，反观原始色鹦鹉反而越来越少了。
不幸的是，一些先天性的疾病也随着颜色的突变遗传下来，如羽毛出现秃斑、正常寿命缩短等。据加州大学鸟类学做的新调查表明，生来就有颜色突变的鹦鹉可能带有一种遗传性肾脏缺损而造成肾功能欠佳，当鹦鹉吃了高蛋白质的食物后而会发展成肾功能衰竭和痛风。
部分负责任的繁殖者力求杜绝鹦鹉的这些不良性状的遗传，但是一些急功近利的繁殖者或许不会在意种鸟的血统问题，他们为了减轻经济压力，不愿意淘汰遗传不良的种鸟，选择更强壮健康的种鸟。这种做法长远来说，对鹦鹉的影响有很大的负面作用。遗传较弱的种鸟，产量少，易得病，并且有个性缺陷不适合作为宠物鸟进入市场。
除了遗传性的疾病外，育种还有一个问题是“致死基因”，这也是一个遗传缺陷，孵化中的雏鸟因为遗传缺陷而出现死亡。致死基因已经出现在家禽和一些小型鹦鹉(如虎皮鹦鹉、牡丹鹦鹉)