写的是元末，用宋代指，

这个元肯定不是指元朝，宋打了个绿框，说明是专有名词，指宋代，如果前面的元指元代，那也应该同样打个绿框。
我个人认为元的意思就是一开始，个人的理解就是：水浒传的故事从一开始说起，就是指向整个有宋一代，赵匡胤（主动）传位给御弟赵光义这件事，历史存疑（另有有烛影斧声之说）

又想了下或者理解为互文更恰当些：立乎元宋，指乎元宋。意思是故事从宋朝一开始说起。这段批注就是对前句的批注，而前句就是说赵匡胤的事