主线剧情
阿帕岛（人类在数码世界与人类世界边缘处建立的共存基地），主角孵化数码蛋，与哈克兽成为伙伴，并逐渐结识其它伙伴组成小队。
联合军一直在大量抓捕天使型数码宝贝，一只炽天使的失控让贝尔菲兽掌控的基地失控，主角团等人前往基地营救这些数码宝贝并带回炽天使，因为被抽取数据过多，人类采用特殊手段强制退化炽天使兽以保全它的数据。
主角团在未知网域（网络空间）遇见一只有x抗体的芳香兽。哈克兽承认它与芳香兽早已会面并达成共识。芳香兽寻找世界树意志（奥米加兽）的数据，并交给哈克兽让人类帮助修复。在哈克兽拿出数码核后，结合数据成果复活奥米茄兽。
人类继续前往网域和联合军争夺数码蛋，芳香兽x与巴尔巴兽交手，巴尔巴兽不敌变成巴尔巴x，交手后逃遁。