『マブラヴ オルタネイティヴ』より遡ること18年。1983年の東ドイツ。
欧州に於けるBETA大戦の最前線であるこの国は、国民の団結を名目に、
国家保安省(シュタージ)とその密告者(コラボレーター)の目が光る
監視社会であった。
東ドイツ最強との誉れ高い、第666戦術機中隊・通称「シュヴァルツェスマーケン」に
籍を置く主人公・テオドールは、西ドイツへの亡命に失敗し、両親を殺され
妹と引き離された挙げ句、国家保安省の拷問を受けた過去を持っている。
そんな彼は、密告者の目を恐れ、誰も信じず孤独な人生を歩んでいた。
ある日、戦場で孤立している戦術機を発見した第666戦術機中隊の中隊長、
アイリスディーナ・ベルンハルト大尉はテオドールと共に救出に向かう。
無事に救出した西ドイツ軍の衛士、カティア・ヴァルトハイム少尉は
東ドイツへの亡命を希望し、第666中隊への編入を願い出た。
中隊付きの政治将校であるグレーテル・イェッケルン中尉は国家保安省に
目を付けられる事を危惧するが、アイリスディーナは編入を許可し、
カティアの教育係にテオドールを任命する。
過去のトラウマから、国家保安省に目を付けられたくないテオドールは
何故東ドイツに亡命したのかとカティアを問い詰める。
すると彼女は「ある人物」を探すために来たと答えるのだった。
カティアと知り合った事で、テオドールの運命は一転、様々な出来事が
大きく動き出すのだった――。