CMIS病案管理系统提供了一套强大灵活的接口工具，利用该工具可与国内主流HIS、EMR对接，直接调取病案首页和统计信息，病案录入人员可直接在调取过来的数据上进行审核和修改，减少数据录入工作量。
系统内置丰富的数据校验标准，包括卫统直报、HQMS校验标准、绩效考核等，同时支持校验条件的自定义扩展。数据审核校验支持二级校验，支持首页数据录入保存实时错误提醒和阶段性数据统一审核，审核出错误后能方便快捷地定位到错误数据位置，方便用户修改。
系统的集成应用中可与第三方对接患者医保分组结果、使用模拟分组工具分析病案预入组情况。及时发现诊断、手术及操作编码问题。
在病案首页数据基础上，自动生成、更新医保结算清单。支持对清单数据补录和预览。系统提供独立管理两套数据，可更满足数据回传需求。
针对病案首页中的任何字段，可进行任意的组合、排列，可选取其中一段范围到另一段范围进行查询，可进行模糊、大于、小于、不匹配等条件查询。条件的个数不限。查询条件可以被保存下来，方便下次的调用。使采集数据不仅用于检索，同时服务于医院管理、科研、考核，提高了质量控制系统的价值的利用度，同时也有利于提高医院的质控水平。查询结果支持再次检索的功能，进行分组汇总、统计运算处理。
系统内收集了各类医院使用的各类报表，形成了宝贵的报表资源库，各类型医院均可在系统中找到对应的使用报表，同时提供灵活的报表设置功能，用户可以很方便地设置报表指标，修改医院科室、数据源、计算公式，产生医院所需的各类报表，提高工作效率。
针对不同的病案首页数据上报平台，提供了数据集成上报模块，能轻松完成各类平台的数据导出与上报，导出过程自动转换数据标准，不影响原始数据。
可以根据用户的需要灵活的设置个性的操作界面，移动、关闭、调整界面上的任一项目，简便用户的输入，提高录入速度。
根据现在医院的发展，医院合并、集团化的情况较多，系统设置中支持各级医院模式的功能，可以共享于同一服务下，各级授权管理。