捕鱼儿海之后,大汗就沦为傀儡,大权被太师把持。
比如脱欢拥立脱脱不花大汗,打败了阿鲁台和他扶持的阿台大汗,统一了草原。
脱欢死后,也先继承太师之位,入寇明朝,俘获英宗,但是没多久,也先就和脱脱不花闹翻了,脱脱不花跑路被杀,也先自称大汗(1453年),被阿喇知院所杀,阿喇知院又被喀喇沁的孛来所杀,草原又变成一盘散沙。
1454年,孛来拥立马可古儿吉思为大汗,只为太师,把持大权。
1465年,孛来和马可古儿吉思大汗闹翻,杀了大汗,接着毛里孩杀了孛来,拥立脱古思猛可为大汗,号摩伦汗。
1466年,摩伦汗和毛里孩太师闹翻,被杀。
汗位空悬八年。
1475年,满都鲁得到瓦剌癿加思兰支持,成为大汗,癿加思兰成为太师。
1479年,满都鲁联合癿加思兰族弟亦思马因,杀了癿加思兰太师,亦思马因成为太师。
1480年,巴图孟克继位,号达延汗,
1483年,汗廷打败亦思马因太师,1486年杀了亦思马因太师。接着废除太师,巩固了大汗的权力。
1510年,达延汗基本上统一了东蒙古,分封为六万户。
1517年,达延汗去世,几个儿子内讧,蒙古左右翼分裂。
右翼控制在三子巴尔斯博罗特手里,1519年,济农传给衮必里克(俺答的哥哥),1542年传给诺延达喇,但是大权被俺答控制。
左翼,大汗控制察哈尔万户,喀尔喀万户骑墙,兀良哈万户叛乱。
五个万户六次征讨,才把兀良哈万户瓜分。
大汗比起俺答汗,不论实力还是威望都不如,只能迁徙到辽河套。
俺答汗又几次征讨瓦剌,但是没取得什么战果。
隆庆和议之后,蒙古右翼和明朝和平了几十年。
明朝开始针对察哈尔,李成梁就好几次征讨察哈尔。
然后就是林丹汗上台了,几次和明朝交锋都没占到便宜,而后金崛起,明朝开始扶持林丹汗对抗后金。
1624年科尔沁和后金结盟,林丹汗征讨科尔沁,后金派出援军,林丹汗撤退。
接着后金以内喀尔喀帮助林丹汗为由,征讨内喀尔喀,内喀尔喀被打败,逃亡察哈尔,林丹汗趁机吞并了内喀尔喀,至此,内喀尔喀五部,大半被后金和林丹汗瓜分,小部分逃亡外喀尔喀。
林丹汗实力增强,试图加强内部集权,在下属各部设置“达鲁花赤”,结果察哈尔的敖汉、奈曼两部直接投靠了后金。
林丹汗不敢和后金争锋,决定西迁,让多罗特部留守,自率察哈尔西迁。
明朝反对察哈尔西迁,支持右翼抵抗林丹汗,但是右翼联军很快就被林丹汗击败,林丹汗吞并右翼,要求继承右翼的贡赏,明朝拒绝,又和明朝交恶。
同时,黄台吉得知林丹汗西迁,派大军追击,消灭了多罗特部。
后金继续西征,林丹汗继续跑路,经宁夏到青海,最终病死。