肠菌移植的安全性主要与两方面因素有关，即供体的生物安全性、移植的操作安全性。有句话用于描述供体筛查的严格性很确切，叫做“不是输血，胜似输血”。供体不仅要筛查 排除乙肝、丙肝、梅毒、艾滋病、EB这些已知传染病，不仅要排除寄生虫、条件致病菌感染，甚至连饮食习惯、排便习惯、情绪状态、肿瘤家族史都要进行调查，不符合要求的都要排除。供体的筛查可以说是“百里挑一”，要成为一个合格的供体是非常困难的。所有这些筛查工作都是为了保证供体的生物安全性。